<div dir="ltr"><div><div>Dear Amanda,<br><br></div>am I correct to assume that You are trying to deposit a protein crystal structure? The scope of the COD does not include biopolymers since this domain is already well covered by the PDB database.</div><div><br></div><div>Is there any reason not to deposit your crystal structure to the PDB database?<br></div><div><br></div><div>Sincerely,<br></div><div>Antanas Vaitkus<br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2017-10-03 14:13 GMT+03:00 Amanda Constantinides <span dir="ltr"><<a href="mailto:aconstantinides1@student.gsu.edu" target="_blank">aconstantinides1@student.gsu.edu</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div>
Hi Antanas,<br>
I can not send any data. It is not published yet. I have a regular PDB file, an .mtz file, a log file (.lp), and a .sca file. What is the best way to convert them to .cif format to be uploaded into the COD? My attempt using PDB_extract was not successful.
<br>
<br>
Thank you,<br>
<br>
Amanda Constantinides
<hr style="display:inline-block;width:98%">
<div id="m_-226055686200423340divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font style="font-size:11pt" face="Calibri, sans-serif" color="#000000"><b>From:</b> Antanas Vaitkus <<a href="mailto:antanas.vaitkus90@gmail.com" target="_blank">antanas.vaitkus90@gmail.com</a>><br>
<b>Sent:</b> Monday, October 2, 2017 3:12:36 PM<br>
<b>To:</b> Amanda Constantinides<br>
<b>Cc:</b> <a href="mailto:cod-bugs@ibt.lt" target="_blank">cod-bugs@ibt.lt</a><br>
<b>Subject:</b> Re: [Cod-bugs] "No data blocks that contain coordinates found"</font>
<div> </div>
</div><div><div class="h5">
<div>
<div dir="ltr">
<div>Dear Amanda Constantinides,<br>
<br>
</div>
thank you for taking interest in the COD. Could you please send an example of the CIF files you are trying to upload so we could investigate further?<br>
<div><br>
</div>
<div>Sincerely,<br>
</div>
<div>Antanas Vaitkus<br>
</div>
</div>
<div class="gmail_extra"><br>
<div class="gmail_quote">2017-10-02 20:30 GMT+03:00 Amanda Constantinides <span dir="ltr">
<<a href="mailto:aconstantinides1@student.gsu.edu" target="_blank">aconstantinides1@student.gsu.<wbr>edu</a>></span>:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div dir="ltr">
<div id="m_-226055686200423340m_-4426413847479646167divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif" dir="ltr">
<p>Hi, </p>
<p>I am trying to deposit several structures in the COD in preparation for publication in
<i>Crystals</i>. I used PDB_extract to convert structure factor and coordinate files to .CIF format. When I tried to upload either of these compressed CIF files, the error message "<span>no data blocks that contain coordinates found" came up. When I tried to
 add diffraction data files (.mtz files with .lp files converted to .cif files in PDB_extract), new error messages came up. <br>
<br>
How can I deposit these structures? <br>
<br>
Thank you, </span></p>
<span class="m_-226055686200423340HOEnZb"><font color="#888888">
<div><span><br>
</span></div>
<div><span>Amanda Constantinides</span></div>
<div>Graduate Research Assistant<br>
Georgia State University<span><br>
</span></div>
<span></span>
<p><br>
</p>
</font></span></div>
</div>
<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
Cod-bugs mailing list<br>
<a href="mailto:Cod-bugs@lists.crystallography.net" target="_blank">Cod-bugs@lists.crystallography<wbr>.net</a><br>
<a href="https://na01.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Flists.crystallography.net%2Fcgi-bin%2Fmailman%2Flistinfo%2Fcod-bugs&data=02%7C01%7Caconstantinides1%40student.gsu.edu%7Ce906b436ad8049b10d6308d509c98bd7%7C704d822c358a47849a1649e20b75f941%7C0%7C0%7C636425683594580764&sdata=3HmT8D4H1I%2Bqhm0WEok%2BsH0fFs7tGb7oyeqAPy5oXEA%3D&reserved=0" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.crystallography.n<wbr>et/cgi-bin/mailman/listinfo/co<wbr>d-bugs</a><br>
<br>
</blockquote>
</div>
<br>
<br clear="all">
<br>
-- <br>
<div class="m_-226055686200423340gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature">
<div dir="ltr">
<div>
<div>Antanas Vaitkus,<br>
</div>
PhD student at Vilnius University Institute of Biotechnology,<br>
<span><span><span>room V325, </span></span></span><a href="https://maps.google.com/?q=Saul%C4%97tekio+al.+7&entry=gmail&source=g">Saulėtekio al. 7</a>,<br>
LT-10257 Vilnius, Lithuania<br>
</div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr"><br>
<br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div></div></div>

</blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div>Antanas Vaitkus,<br></div>PhD student at Vilnius University Institute of Biotechnology,<br><span><span><span>room V325, </span></span></span>Saulėtekio al. 7,<br>LT-10257 Vilnius, Lithuania<br></div><div><div><div><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><br><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div>