<div dir="ltr"><div><div>Dear Amanda,<br><br></div>the requirements are indeed a bit misleading -- neither of the repositories recommended by the "Crystals" journal (COD, CSD) accept crystal structures of proteins. I would assume that the PDB was accidentally omitted in the recommendations on the basis that depositing protein structures to the PDB prior to publication has become a <i>de facto</i> standard nowadays. I will write an e-mail to the "Crystals" editorial board asking them to update the instructions.<br><br></div>As for now, I would assume that the best solution for you would be to deposit your data to the PDB and simply reference it in the paper.<br><div><br></div><div>Sincerely,<br></div><div>Antanas Vaitkus<br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2017-10-03 18:29 GMT+03:00 Amanda Constantinides <span dir="ltr"><<a href="mailto:aconstantinides1@student.gsu.edu" target="_blank">aconstantinides1@student.gsu.edu</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div>

<div id="m_-2974325029060093229divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif" dir="ltr">
<p>This is what is on the website:<a class="m_-2974325029060093229OWAAutoLink" id="m_-2974325029060093229LPlnk339204" href="http://www.mdpi.com/journal/crystals/instructions" target="_blank">http://www.mdpi.com/<wbr>journal/crystals/instructions</a></p>
<p><b>"X-Ray Crystallographic Data:</b><em>Crystals</em><strong>deposit the crystallographic data prior to the submission of the manuscript</strong></p>
<ul>
<li><strong>COD:</strong> Preferably, the data should be deposited with the <a href="http://www.crystallography.net/" target="_blank">
<font color="#366daf">Crystallography Open Database (COD)</font></a>. Please deposit as "pre-publication data" at
<a href="http://www.crystallography.net/initiate_deposition.php" target="_blank">
<font color="#366daf">http://www.crystallography.<wbr>net/initiate_deposition.php</font></a> prior to the submission of the manuscript. COD numbers for structures will be displayed immediately after the data is validated and deposited, and should be included in
 the manuscript, along with the following text: "COD ...... contains the supplementary crystallographic data for this paper. These data can be obtained free of charge via <a href="http://www.crystallography.net/search.html" target="_blank">http://www.crystallography.<wbr>net/search.html</a>". This text may be included in the experimental
 section or as a suitably referenced endnote."</li></ul>
<p>I am not sure how I have misinterpreted this. </p>
<p>Best,</p>
<p>Amanda Constantinides<br>
</p>
<p></p>
<div id="m_-2974325029060093229LPBorder_GT_15070445490590.5471389363014747" style="width:100%;text-indent:0px;overflow:auto;margin-bottom:20px">
<table id="m_-2974325029060093229LPContainer_15070445490440.9328129254323376" style="width:90%;overflow:auto;padding-top:20px;padding-bottom:20px;margin-top:20px;border-top-color:rgb(200,200,200);border-bottom-color:rgb(200,200,200);border-top-width:1px;border-bottom-width:1px;border-top-style:dotted;border-bottom-style:dotted;background-color:rgb(255,255,255)" cellspacing="0">
<tbody>
<tr style="border-spacing:0px" valign="top">
<td id="m_-2974325029060093229ImageCell_15070445490470.16183040755451716" style="width:250px;padding-right:20px;display:table-cell" colspan="1">
<div id="m_-2974325029060093229LPImageContainer_15070445490470.15780392641286722" style="margin:auto;width:160px;height:160px;display:table;background-color:rgb(255,255,255)">
<a id="m_-2974325029060093229LPImageAnchor_15070445490540.08239369879121172" style="text-align:center;display:table-cell" href="http://www.mdpi.com/journal/crystals/instructions" target="_blank"><img id="m_-2974325029060093229LPThumbnailImageID_15070445490550.6180605260628922" style="border-width:0px;width:160px;height:160px;vertical-align:bottom;display:inline-block;max-height:250px;max-width:250px" src="http://www.mdpi.com/img/journals/crystals-logo-sq.png?0302bcf33fbd49ca" width="160" height="160"></a></div>
</td>
<td id="m_-2974325029060093229TextCell_15070445490560.3740109348544447" style="padding:0px;vertical-align:top;display:table-cell" colspan="2">
<div id="m_-2974325029060093229LPRemovePreviewContainer_15070445490560.2868941810295329"></div>
<div id="m_-2974325029060093229LPTitle_15070445490560.2823547890826612" style="color:rgb(204,0,0);line-height:21px;font-family:"wf_segoe-ui_light","Segoe UI Light","Segoe WP Light","Segoe UI","Segoe WP",Tahoma,Arial,sans-serif;font-size:21px;font-weight:400">
<a id="m_-2974325029060093229LPUrlAnchor_15070445490570.6951352204734094" style="text-decoration:none" href="http://www.mdpi.com/journal/crystals/instructions" target="_blank">Crystals | Instructions for Authors</a></div>
<div id="m_-2974325029060093229LPMetadata_15070445490570.7699307357017848" style="margin:10px 0px 16px;color:rgb(102,102,102);line-height:14px;font-family:"wf_segoe-ui_normal","Segoe UI","Segoe WP",Tahoma,Arial,sans-serif;font-size:14px;font-weight:400">
<a href="http://www.mdpi.com" target="_blank">www.mdpi.com</a></div>
<div id="m_-2974325029060093229LPDescription_15070445490580.45474775464627726" style="color:rgb(102,102,102);line-height:20px;overflow:hidden;font-family:"wf_segoe-ui_normal","Segoe UI","Segoe WP",Tahoma,Arial,sans-serif;font-size:14px;font-weight:400;display:block;max-height:100px">
Crystals, an international, peer-reviewed Open Access journal.</div>
</td>
</tr>
</tbody>
</table>
</div>
<p></p>
<p><br>
<br>
</p>
</div>
<hr style="display:inline-block;width:98%">
<div id="m_-2974325029060093229divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font style="font-size:11pt" color="#000000" face="Calibri, sans-serif"><b>From:</b> Amanda Constantinides<br>
<b>Sent:</b> Tuesday, October 3, 2017 11:26:38 AM<br>
<b>To:</b> Antanas Vaitkus<div><div class="h5"><br>
<b>Subject:</b> Re: [Cod-bugs] "No data blocks that contain coordinates found"</div></div></font>
<div> </div>
</div><div><div class="h5">
<div>
<div id="m_-2974325029060093229divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif" dir="ltr">
<p>Hi Antanas, <br>
Ohhhh ok!!! I must have misread the directions for submission in the journal <i>Crystals</i>. I was also wondering why the PDB was not sufficient for this journal. I will check the directions again. </p>
<p><br>
</p>
<p>Thank you! <br>
<br>
Amanda Constantinides<br>
</p>
</div>
<hr style="display:inline-block;width:98%">
<div id="m_-2974325029060093229divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font style="font-size:11pt" color="#000000" face="Calibri, sans-serif"><b>From:</b> Antanas Vaitkus <<a href="mailto:antanas.vaitkus90@gmail.com" target="_blank">antanas.vaitkus90@gmail.com</a>><br>
<b>Sent:</b> Tuesday, October 3, 2017 9:30:11 AM<br>
<b>To:</b> Amanda Constantinides; <a href="mailto:cod-bugs@ibt.lt" target="_blank">cod-bugs@ibt.lt</a><br>
<b>Subject:</b> Re: [Cod-bugs] "No data blocks that contain coordinates found"</font>
<div> </div>
</div>
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div>Dear Amanda,<br>
<br>
</div>
am I correct to assume that You are trying to deposit a protein crystal structure? The scope of the COD does not include biopolymers since this domain is already well covered by the PDB database.</div>
<div><br>
</div>
<div>Is there any reason not to deposit your crystal structure to the PDB database?<br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Sincerely,<br>
</div>
<div>Antanas Vaitkus<br>
</div>
</div>
<div class="gmail_extra"><br>
<div class="gmail_quote">2017-10-03 14:13 GMT+03:00 Amanda Constantinides <span dir="ltr">
<<a href="mailto:aconstantinides1@student.gsu.edu" target="_blank">aconstantinides1@student.gsu.<wbr>edu</a>></span>:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div>Hi Antanas,<br>
I can not send any data. It is not published yet. I have a regular PDB file, an .mtz file, a log file (.lp), and a .sca file. What is the best way to convert them to .cif format to be uploaded into the COD? My attempt using PDB_extract was not successful.
<br>
<br>
Thank you,<br>
<br>
Amanda Constantinides
<hr style="display:inline-block;width:98%">
<div id="m_-2974325029060093229m_-226055686200423340divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font style="font-size:11pt" color="#000000" face="Calibri, sans-serif"><b>From:</b> Antanas Vaitkus <<a href="mailto:antanas.vaitkus90@gmail.com" target="_blank">antanas.vaitkus90@gmail.com</a>><br>
<b>Sent:</b> Monday, October 2, 2017 3:12:36 PM<br>
<b>To:</b> Amanda Constantinides<br>
<b>Cc:</b> <a href="mailto:cod-bugs@ibt.lt" target="_blank">cod-bugs@ibt.lt</a><br>
<b>Subject:</b> Re: [Cod-bugs] "No data blocks that contain coordinates found"</font>
<div> </div>
</div>
<div>
<div class="m_-2974325029060093229h5">
<div>
<div dir="ltr">
<div>Dear Amanda Constantinides,<br>
<br>
</div>
thank you for taking interest in the COD. Could you please send an example of the CIF files you are trying to upload so we could investigate further?<br>
<div><br>
</div>
<div>Sincerely,<br>
</div>
<div>Antanas Vaitkus<br>
</div>
</div>
<div class="gmail_extra"><br>
<div class="gmail_quote">2017-10-02 20:30 GMT+03:00 Amanda Constantinides <span dir="ltr">
<<a href="mailto:aconstantinides1@student.gsu.edu" target="_blank">aconstantinides1@student.gsu.<wbr>edu</a>></span>:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div dir="ltr">
<div id="m_-2974325029060093229m_-226055686200423340m_-4426413847479646167divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif" dir="ltr">
<p>Hi, </p>
<p>I am trying to deposit several structures in the COD in preparation for publication in
<i>Crystals</i>. I used PDB_extract to convert structure factor and coordinate files to .CIF format. When I tried to upload either of these compressed CIF files, the error message "<span>no data blocks that contain coordinates found" came up. When I tried to
 add diffraction data files (.mtz files with .lp files converted to .cif files in PDB_extract), new error messages came up. <br>
<br>
How can I deposit these structures? <br>
<br>
Thank you, </span></p>
<span class="m_-2974325029060093229m_-226055686200423340HOEnZb"><font color="#888888">
<div><span><br>
</span></div>
<div><span>Amanda Constantinides</span></div>
<div>Graduate Research Assistant<br>
Georgia State University<span><br>
</span></div>
<span></span>
<p><br>
</p>
</font></span></div>
</div>
<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
Cod-bugs mailing list<br>
<a href="mailto:Cod-bugs@lists.crystallography.net" target="_blank">Cod-bugs@lists.crystallography<wbr>.net</a><br>
<a href="https://na01.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Flists.crystallography.net%2Fcgi-bin%2Fmailman%2Flistinfo%2Fcod-bugs&data=02%7C01%7Caconstantinides1%40student.gsu.edu%7Ce906b436ad8049b10d6308d509c98bd7%7C704d822c358a47849a1649e20b75f941%7C0%7C0%7C636425683594580764&sdata=3HmT8D4H1I%2Bqhm0WEok%2BsH0fFs7tGb7oyeqAPy5oXEA%3D&reserved=0" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.crystallography.n<wbr>et/cgi-bin/mailman/listinfo/co<wbr>d-bugs</a><br>
<br>
</blockquote>
</div>
<br>
<br clear="all">
<br>
-- <br>
<div class="m_-2974325029060093229m_-226055686200423340gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature">
<div dir="ltr">
<div>
<div>Antanas Vaitkus,<br>
</div>
PhD student at Vilnius University Institute of Biotechnology,<br>
<span><span><span>room V325, </span></span></span><a href="https://na01.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Fmaps.google.com%2F%3Fq%3DSaul%25C4%2597tekio%2Bal.%2B7%26entry%3Dgmail%26source%3Dg&data=02%7C01%7Caconstantinides1%40student.gsu.edu%7Ccbd7d6dfba414408cc0a08d50a62e07b%7C704d822c358a47849a1649e20b75f941%7C0%7C0%7C636426342139278837&sdata=dOUd8nR%2B0yZMZRrtT0l1ExrXJ5s8LJhiSfe7JFhKX8A%3D&reserved=0" target="_blank">Saulėtekio
 al. 7</a>,<br>
LT-10257 Vilnius, Lithuania<br>
</div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr"><br>
<br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
<br clear="all">
<br>
-- <br>
<div class="m_-2974325029060093229gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature">
<div dir="ltr">
<div>
<div>Antanas Vaitkus,<br>
</div>
PhD student at Vilnius University Institute of Biotechnology,<br>
<span><span><span>room V325, </span></span></span><a href="https://maps.google.com/?q=Saul%C4%97tekio+al.+7&entry=gmail&source=g">Saulėtekio al. 7</a>,<br>
LT-10257 Vilnius, Lithuania<br>
</div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr"><br>
<br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div></div></div>

</blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div>Antanas Vaitkus,<br></div>PhD student at Vilnius University Institute of Biotechnology,<br><span><span><span>room V325, </span></span></span>Saulėtekio al. 7,<br>LT-10257 Vilnius, Lithuania<br></div><div><div><div><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><br><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div>