<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div><div>Dear Marcin Wojdyn,</div><div><br></div><div>as of COD revision r245002 the issues you outlined are considered resolved.<br><br></div><div>I would also like to note, that during the reparsing of the entire COD we discovered several more COD entries with illegal ASCII characters that were not picked up by your software.<br></div><div>A representative list of such structures:<br><a href="https://www.crystallography.net/cod/4350338.cif@239844">https://www.crystallography.net/cod/4350338.cif@239844</a> -- contains the ACK symbol in the value of the '_refine_diff_density_rms' data item;<br><a href="https://www.crystallography.net/cod/4089334.cif@243612">https://www.crystallography.net/cod/4089334.cif@243612</a> -- contains the SOH symbol in the value of the '_refine_diff_density_rms' data item.<br><br></div>The '@' postfix points to the specific SVN revision where the file still contained the error. Just pointing this out in case you would find these examples useful in testing your software.<br><br></div>Sincerely,<br></div>Antanas Vaitkus<br><div><div><div><div><br></div></div></div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, 11 Dec 2019 at 07:08, Antanas Vaitkus <<a href="mailto:antanas.vaitkus90@gmail.com">antanas.vaitkus90@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div><div>Dear Marcin Wojdyr,<br><br></div>currently, the naming conventions of multi-block hkl files are a little inconsistent in the COD. However, I do agree that we should at least avoid duplicate data names. We will fix this issue as soon as possible.<br><br></div>As for hkl entry 4115482, it seems to contain a CIF syntax error that our parser did not properly detect. We will definitely investigate that.<br><br></div>Sincerely,<br></div>Antanas Vaitkus<br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, 10 Dec 2019 at 22:46, Marcin Wojdyr <<a href="mailto:wojdyr@gmail.com" target="_blank">wojdyr@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><br></div><div>and four hkl file with different syntax problems:<br></div><div><br></div><div>$ time find ../cod/hkl/ -name \*.hkl | xargs -n1000 ./build/gemmi validate <br>../cod/hkl/2/00/88/2008821.hkl: duplicate block name: 2008821_Fobs<br>../cod/hkl/4/11/54/4115482.hkl:27:0(860): parse error<br>../cod/hkl/4/11/75/4117532.hkl: duplicate block name: 4117532_diffractogram_1<br>../cod/hkl/4/11/75/4117533.hkl: duplicate block name: 4117532_diffractogram_1<br><br>real    2m27.263s<br>user 1m41.871s<br>sys  0m6.641s<br></div></div>
<br>-- 
<br>This message has been scanned for viruses and
<br>dangerous content by
<a href="http://www.mailscanner.info/" target="_blank"><b>MailScanner</b></a>, and is
<br>believed to be clean.

_______________________________________________<br>
Cod-bugs mailing list<br>
<a href="mailto:Cod-bugs@lists.crystallography.net" target="_blank">Cod-bugs@lists.crystallography.net</a><br>
<a href="http://lists.crystallography.net/cgi-bin/mailman/listinfo/cod-bugs" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.crystallography.net/cgi-bin/mailman/listinfo/cod-bugs</a><br>
</blockquote></div><br clear="all"><br>-- <br><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div>Antanas Vaitkus,<br></div>PhD student at Vilnius University Institute of Biotechnology,<br><span><span><span>room V325, </span></span></span>Saulėtekio al. 7,<br>LT-10257 Vilnius, Lithuania<br></div><div><div><div><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><br><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</blockquote></div><br clear="all"><br>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div>Antanas Vaitkus,<br></div>PhD student at Vilnius University Institute of Biotechnology,<br><span><span><span>room V325, </span></span></span>Saulėtekio al. 7,<br>LT-10257 Vilnius, Lithuania<br></div><div><div><div><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><br><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
<br />-- 
<br />This message has been scanned for viruses and
<br />dangerous content by
<a href="http://www.mailscanner.info/"><b>MailScanner</b></a>, and is
<br />believed to be clean.