<div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div>Dear Norwid,<br><br></div><div>thank you for the report. It seems strange that the script did not work on<br>your system, since 'babel' is an old version of 'obabel' [1] which still comes<br>packaged with the Debian 10 installation of the 'openbabel' package [2].<br></div></div></div><br></div>However, I do agree with your suggestion to replace 'babel' with 'obabel'<br></div>since the same approach is also suggested by the openbabel developers [2].<br></div>This change will be included in the next release of 'cod-tools'.<br><div><div><div><br>[1] <a href="https://openbabel.org/docs/dev/Command-line_tools/babel.html">https://openbabel.org/docs/dev/Command-line_tools/babel.html</a><br>[2] <a href="https://packages.debian.org/buster/openbabel">https://packages.debian.org/buster/openbabel</a></div><div><br></div><div>Sincerely,<br></div><div>Antanas<br></div></div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, 7 May 2020 at 22:21, Norwid Behrnd <<a href="mailto:nbehrnd@yahoo.com">nbehrnd@yahoo.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Dear Ladies and Gentlemen,<br>
<br>
based on an observation I would like to suggest an update of bash<br>
script molcif2sdf (last public edit by 2019-12-06) at line #114; namely,<br>
the substitution of «babel» by «obabel»<br>
<br>
<br>
During a session of Linux Debian 10, backed by openbabel (release<br>
3.0.0), I aimed for the conversion of file 1501905.cif into a .sdf<br>
suitable for DataWarrior with cod-tools' codcif2sdf.  The conversion<br>
failed and indicated bash script molcif2sdf as possible cause:<br>
<br>
norwid@carnot2:~/Desktop$ codcif2sdf 1501905.cif <br>
/usr/bin/cif_molecule: 1501905.cif data_1501905: WARNING, multiplicity<br>
ratios are given instead of multiplicities for 61 atoms -- taking<br>
calculated values.<br>
/usr/bin/molcif2sdf: 114: babel: not found<br>
norwid@carnot2:~/Desktop$ codcif2sdf --version<br>
cod-tools version 2.10<br>
<br>
<br>
A fresh re-installation from Debian's testing repositories did not<br>
improve the situation, by label they are the same as the tools offered<br>
by your page as tar.gz.  Tentatively, I substituted «babel» by «obabel»<br>
in line #114 of molcif2sdf and found obtained the .sdf as expected.<br>
<br>
norwid@carnot2:~/Desktop$ codcif2sdf 1501905.cif > so.sdf<br>
/usr/bin/cif_molecule: 1501905.cif data_1501905: WARNING, multiplicity<br>
ratios are given instead of multiplicities for 61 atoms -- taking<br>
calculated values. 1 molecule converted<br>
norwid@carnot2:~/Desktop$<br>
<br>
Starting .cif, successfully converted .sdf and modified bash script,<br>
each appended by .txt to pass the email, are provided as attachment to<br>
this email.<br>
<br>
With best regards,<br>
<br>
Norwid Behrnd<br>
<br>
 ---- 8>< ---- md5sum ---- ---- attached file ----<br>
d5dac2ef4c96a1c852e34c58e052c48b  1501905.cif.txt<br>
5946d1cd9694511d76007cd3c9458cb5  so.sdf.txt<br>
1daf86169048b51a20ef808805569b6c  molcif2sdf_modified_line_114.txt<br>
 ----<br>
<br>
-- <br>
This message has been scanned for viruses and<br>
dangerous content by MailScanner, and is<br>
believed to be clean.<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Cod-bugs mailing list<br>
<a href="mailto:Cod-bugs@lists.crystallography.net" target="_blank">Cod-bugs@lists.crystallography.net</a><br>
<a href="http://lists.crystallography.net/cgi-bin/mailman/listinfo/cod-bugs" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.crystallography.net/cgi-bin/mailman/listinfo/cod-bugs</a><br>
</blockquote></div><br clear="all"><br>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div>Antanas Vaitkus,<br></div>PhD student at Vilnius University Institute of Biotechnology,<br><span><span><span>room V325, </span></span></span>Saulėtekio al. 7,<br>LT-10257 Vilnius, Lithuania<br></div><div><div><div><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><br><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
<br />-- 
<br />This message has been scanned for viruses and
<br />dangerous content by
<a href="http://www.mailscanner.info/"><b>MailScanner</b></a>, and is
<br />believed to be clean.