<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div>Dear Norwid,<br><br></div>thank you for the bug reports. The COD team is quite swamped at the moment so it may take us some time to<br>implement the fixes, but the suggested usability improvements indeed seem useful.<br><br></div><div>As a side note, I do not mind you writing directly to this e-mail, but in the future it would be better to send any bug<br></div><div>reports or feature requests to the COD support e-mail (<a href="mailto:cod-bugs@ibt.lt">cod-bugs@ibt.lt</a>). This way it becomes visible to the entire<br></div><div>COD team and is slightly easier for us to track. In this spirit, I will also forward my reply to the support e-mail. <br><br></div><div>Sincerely,<br></div><div>Antanas<br></div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, 3 Jun 2020 at 12:04, Norwid Behrnd <<a href="mailto:nbehrnd@yahoo.com">nbehrnd@yahoo.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Dear Antanas,<br>
<br>
based on a previous helpful exchange with you as one of the curators of<br>
the COD, I would like to suggest an addition of the features the data<br>
base offers when searching with the sketcher by Ertl et al.<br>
<br>
<br>
Point #1:<br>
A lecture about alkylated polythiophenes / polythiophene polymers (e.g.,<br>
slide #4 of the reprinted .pdf attached) lead me to check if the COD would<br>
contain similar models -- maybe not polymers, but tri- or tetramers fitting<br>
better into the scope of the database's criterion of «small molecules».<br>
One of the structure motifs for example was translated on the «search<br>
results» page into the SMILES string of 'CCc3csc(c2sc(c1sccc1CC)cc2CC)c3',<br>
with two model data indexed.<br>
<br>
I notice that the bottom of the page listing COD entries offers a link<br>
to return to the search form to refine the query.  In my case, however, the<br>
SMILES string was not retained; in other words, I _speculated_ the search<br>
mask's second field «OpenBabel FastSearch» would contain this string to<br>
continue further.  This however, was not (yet) the case and I would like to<br>
suggest that this piece of information is transferred to the text-based<br>
search automatically.<br>
<br>
<br>
Point #2:<br>
In this case, retrieving the two models was iterative.  With a dimer at<br>
hand, for example ('CCc2csc(c1sccc1CC)c2' as motif), there already are three<br>
indexed models.  Not knowing (enough / at all) about the technical background<br>
of the COD to bring a solution to the table, I would like to suggest to<br>
add a second function to the list of results:  If a query was based on a<br>
structure formula, to offer a return to the page with sketcher where this<br>
query structure is «still alive» for an adjustment / refinement.<br>
<br>
E.g., if you would like to query the COD of halonitrostilbenes; here, I'm<br>
not aware if the sketcher allows the definition of a «placeholder» then<br>
covering the set of (F .or. Cl .or. Br .or. I) as in CCDC's conquest GUI.<br>
So far -- if not simply querying the database with nitrostilbene as<br>
substructure -- this requires to draw the molecular structure again from<br>
the beginning.  And again if one of the arenes were substituted by pyridine<br>
or an other heterocycle where conquest permits to define a arene atom to be<br>
either (C .or. N); this would not be a simple sub-structure search possibly<br>
addressed by one query.<br>
<br>
With best regards,<br>
<br>
Norwid<br>
</blockquote></div><br clear="all"><br>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div>Antanas Vaitkus,<br></div>PhD student at Vilnius University Institute of Biotechnology,<br><span><span><span>room V325, </span></span></span>Saulėtekio al. 7,<br>LT-10257 Vilnius, Lithuania<br></div><div><div><div><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><br><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
<br />-- 
<br />This message has been scanned for viruses and
<br />dangerous content by
<a href="http://www.mailscanner.info/"><b>MailScanner</b></a>, and is
<br />believed to be clean.