<div dir="ltr"><div>Dear Saulius,</div><div>thank you for your quick reply!</div><div>Fantastic, I will discuss it with Alexandra and other collaborators who actually performed the calculations and get back to you soon.</div><div>With all the best wishes,</div><div>Kamil<br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Jun 24, 2020 at 7:15 AM Saulius Gražulis <<a href="mailto:grazulis@ibt.lt">grazulis@ibt.lt</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Dear, Kamil, dar Aleksandra,<br>
<br>
On 2020-06-23 13:52, Kamil Dziubek wrote:<br>
> I hope you all are ok in this difficult pandemic time.<br>
> <br>
> My friend Alexandra Friedrich from the University of Würzburg is going<br>
> to submit a paper (in collaboration with me as one of the co-authors),<br>
> in which we have calculated structures of the products of high-pressure<br>
> synthesis. I have suggested that she also submit the theoretical<br>
> structure files to the TCOD database.<br>
<br>
Thanks for suggesting this! I think it is a perfect idea! (but I am<br>
biased, of course :).<br>
<br>
> Alexandra asked me if it is possible to upload structures and retrieve<br>
> deposition numbers without other people having access to it before the<br>
> manuscript is published, similarly as in the CCDC, at the stage of<br>
> manuscript submission?<br>
<br>
Definitely yes. This is called "pre-publication deposition", default<br>
on-hold period is 6 months, but you can extend it, and currently we do<br>
not enforce any strict termination – essentially your data will be out<br>
when the publication is out.<br>
<br>
I would ask Antanas and Andrius to check if the deposition code is<br>
working OK, and you can proceed; we will ask you to register (all<br>
provided personal data will be kept confidential and managed solely for<br>
the purpose of managing TCOD deposition, as a legal reason per GDPR :)<br>
). If you encounter problems with registration or deposition, please<br>
feel free to e-mail me, Antanas or Andrius.<br>
<br>
The deposition and registration link is:<br>
<br>
<a href="http://www.crystallography.net/tcod/initiate_deposition.php" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.crystallography.net/tcod/initiate_deposition.php</a><br>
<br>
The procedure should be the same as for the COD<br>
(<a href="https://wiki.crystallography.net/depositingtocod/" rel="noreferrer" target="_blank">https://wiki.crystallography.net/depositingtocod/</a>), just substitute<br>
TCOD for COD.<br>
<br>
Would you also deposit you computation procedure? Andrius has developed<br>
a method to record it unambiguously in TCOD, using Open Provenance ideas.<br>
<br>
> We would be also very grateful for additional guidance at the stage of<br>
> the CIF files submission, as we have never submitted any calculated CIF<br>
> files to the TCOD!<br>
<br>
Lets keep in touch. Please provide us more information (metadata) as to<br>
how the files were prepared. For sure all this information will be kept<br>
strictly confidential before you release it to public. You can use our<br>
GP encryption keys if you want to make sure that the e-mails remain<br>
private in transit (my key, 0x139*5837.asc, should be attached to this<br>
e-mail).<br>
<br>
Sincerely,<br>
Saulius<br>
<br>
<br>
-- <br>
Dr. Saulius Gražulis<br>
Vilnius University Institute of Biotechnology, Saulėtekio al. 7<br>
LT-10257 Vilnius, Lietuva (Lithuania)<br>
fax: (+370-5)-2234367 / phone (office): (+370-5)-2234353<br>
mobile: (+370-684)-49802, (+370-614)-36366<br>
</blockquote></div></div>
<br />-- 
<br />This message has been scanned for viruses and
<br />dangerous content by
<a href="http://www.mailscanner.info/"><b>MailScanner</b></a>, and is
<br />believed to be clean.