<div dir="ltr"><div><div>Dear Robert,<br><br></div>Thank you for reporting this. We will address this the next time<br></div><div>we sync with PubChem by either updating or retracting the entry.</div><div><br>Unfortunately, there are very likely many more such errors as there are<br>too many entries to check by hand thus resorting to less precise automated<br>linking (see paper [1] for more details). We do run several automated data<br>quality checks to weed out the obviously incomplete structures, however, this<br>one seems to have slipped past our filters. Normally, we would expect the crystal<br>summary formula to include the missing H2O moieties, i.e. we expect it to<br>provide the idealised crystal formula, however, the original depositor might have<br>been following different conventions and simply calculated the formula only from<br>the resolved atoms. </div><div><br>We would be grateful if you could report any other such discrepancies you notice<br></div><div>in the COD x PubChem linkage.</div><div><br></div><div>Also, did you detect this error accidentally or were there any automated checks<br></div><div>involved? Maybe we could also include those in our workflow.<br><br>[1] <a href="https://jcheminf.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13321-023-00780-2">https://jcheminf.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13321-023-00780-2</a><br><br></div><div>Sincerely,</div><div>Antanas</div></div><br><div class="gmail_quote gmail_quote_container"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, 18 Aug 2025 at 20:43, Robert McMeeking - STFC UKRI <<a href="mailto:robert.mcmeeking@stfc.ac.uk">robert.mcmeeking@stfc.ac.uk</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div class="msg6947202515511347559">





<div lang="EN-GB" style="overflow-wrap: break-word;">
<div class="m_6947202515511347559WordSection1">
<p class="MsoNormal">Hi <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">I have noticed the recent additions of PubChem links – good work.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">I happened to look at COD 1529982. This is the structure of KI(H2O)2, but the coordinates of the H2O moiety have not been located. This links is to the PubChem KI entry. The links both ways are a bit misleading!<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">Best Regards<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">Bob<u></u><u></u></p>
</div>
<br>-- 
<br>This message has been scanned for viruses and
<br>dangerous content by
<a href="http://www.mailscanner.info/" target="_blank"><b>MailScanner</b></a>, and is
<br>believed to be clean.
</div>

_______________________________________________<br>
Cod-bugs mailing list<br>
<a href="mailto:Cod-bugs@lists.crystallography.net" target="_blank">Cod-bugs@lists.crystallography.net</a><br>
<a href="http://lists.crystallography.net/cgi-bin/mailman/listinfo/cod-bugs" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.crystallography.net/cgi-bin/mailman/listinfo/cod-bugs</a><br>
</div></blockquote></div><div><br clear="all"></div><br><span class="gmail_signature_prefix">-- </span><br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div>Antanas Vaitkus,<br></div>Vilnius University,<br>Life Sciences Center,<br>Institute of Biotechnology,<br><span><span><span>room C521, </span></span></span>Saulėtekio al. 7,<br>LT-10257 Vilnius, Lithuania<br></div><div><div><div><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><br><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
<br />-- 
<br />This message has been scanned for viruses and
<br />dangerous content by
<a href="http://www.mailscanner.info/"><b>MailScanner</b></a>, and is
<br />believed to be clean.